Le Zindan, la prison de la citadelle, se trouve tout de suite après l'entrée principale, avec douze cellules de chaque côté de la rampe d'accès. Elles étaient réservées en priorité aux ennemis de l'émir. Les cellules sont toujours occupées par des mannequins chargés désormais d'évoquer la situation des prisonniers. Le reste de la prison se trouvait sous la rampe d'accès.